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Text File  |  1995-03-04  |  3.2 KB  |  67 lines
  1. ******************************************************
  2. * Bacterial chemotaxis sensory transducers signature *
  3. ******************************************************
  4.  
  5. Bacterial chemotactic-signal transducers [1,2] are  proteins  that  respond to
  6. changes in the concentration of attractants and repellents in the environment,
  7. and transduce a signal from the  outside to  the  inside  of  the cell.  These
  8. proteins  undergo  two  covalent  modifications:  deamidation  and  reversible
  9. methylation.  Attractants  increase  the level of methylation while repellents
  10. decrease it.    The methyl groups are added by the methyl-transferase cheR and
  11. are removed by the methylesterase cheB.
  12.  
  13. In Escherichia coli and related bacteria, there are four different chemotactic
  14. transducers:
  15.  
  16.  - tsr, responsible  for  taxis  to the attractants L-Serine and related amino
  17.    acids and away from the repellents leucine, indole, and weak acids.
  18.  - tar, responsible for taxis to the attractants L-aspartate and related amino
  19.    and dicarboxylic  acids.  Also mediates taxis to the attractant maltose via
  20.    an interaction with the periplasmic maltose-binding protein. Mediates taxis
  21.    away from the repellents cobalt and nickel.
  22.  - trg, responsible for taxis to ribose  and galactose via an interaction with
  23.    the periplasmic ribose- or galactose-binding proteins.
  24.  - tap, responsible for taxis towards dipeptides via  an  interaction with the
  25.    periplasmic dipeptide-binding protein.
  26.  
  27. In Enterobacter aerogenes [3] there are  at  least  two  different chemotactic
  28. transducers:
  29.  
  30.  - tsr, responsible for taxis to the attractant L-serine.
  31.  - tas, responsible for taxis to the attractant L-aspartate.
  32.  
  33. In Salmonella typhimurium [4], in addition to tar, there is:
  34.  
  35.  - tcp, responsible for taxis to the attractant citrate.
  36.  
  37. All these proteins are composed of the  same  structural domains: a N-terminal
  38. region that  resembles a  signal  peptide,  but which is not removed from the
  39. mature protein  and  serves  as  a  membrane-spanning  region;  a  periplasmic
  40. domain of about  160 amino acids  that  forms  the  receptor  domain; a second
  41. transmembrane region  and finally a C-terminal cytoplasmic domain of about 300
  42. amino acids which contains the methylation sites.
  43.  
  44. The methyl-accepting sites are  specific  glutamate  residues  (some  of these
  45. sites are translated as  glutamine  but are  irreversibly deamidated by cheB).
  46. They are  clustered  in  two  regions  of  the  cytoplasmic  domain  [5]. As a
  47. signature pattern we have selected the first of these two regions.
  48.  
  49. -Consensus pattern: R-T-E-[EQ]-Q-x(2)-[SA]-[LIVM]-x-[EQ]-T-A-A-S-M-E-Q-L-T-A-
  50.                     T-V
  51.                     [The two E/Q position and the last Q are all sites of
  52.                      reversible methylation]
  53. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  54. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  55. -Last update: October 1993 / Text revised.
  56.  
  57. [ 1] Stewart R.C., Dahlquist F.W.
  58.      Chem. Rev. 87:997-1025(1987).
  59. [ 2] Hazelbauer G.L.
  60.      Can. J. Microbiol. 34:466-474(1988).
  61. [ 3] Dahl M.K., Boos W., Manson M.D.
  62.      J. Bacteriol. 171:2361-2371(1989).
  63. [ 4] Yamamoto K., Imae Y.
  64.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90:217-221(1993).
  65. [ 5] Rice M.S., Dahlquist F.W.
  66.      J. Biol. Chem. 266:9746-9753(1991).
  67.